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如果您的荣耀手机桌面上的短信应用消失了，并且想要为短信应用设置密码，可以尝试以下步骤。
1、确认短信应用是否被卸载或隐藏：进入应用商店或应用列表，查看短信应用是否存在，如果不存在，可能是因为误删或隐藏了应用，可以尝试恢复或重新下载短信应用。
2、查找设置密码的选项：在手机设置中找到“安全和隐私”或“隐私”选项，在其中可能会有应用锁或应用加密的功能。
3、使用第三方应用加密软件：如果手机自带的应用加密功能无法找到，或者不支持对短信应用进行加密，可以考虑下载第三方应用加密软件，这些软件可以提供更灵活的加密选项，包括为短信应用设置密码。
4、查找桌面定制或主题设置：如果确认短信应用存在但被隐藏在了某个特定的桌面或文件夹中，可以在桌面定制或主题设置中寻找恢复默认布局的选项。
5、恢复出厂设置：如果以上方法都无法解决问题，且手机中没有重要的个人数据，可以考虑恢复出厂设置，但请注意，这将删除手机上的所有个人数据，包括应用程序、照片、联系人等，因此请在执行此操作前备份重要数据。
不同型号和版本的荣耀手机在操作上可能存在差异，建议根据自己的手机型号和版本进行相应的操作，如果对具体操作不确定，建议咨询荣耀官方客服或前往附近的荣耀售后服务中心寻求帮助。